Une Fondation de droit privé d'intérêt public, intitulée Fondation du Jardin botanique scientifique et universitaire de Neuchâtel, a été créée le 29 mai 2007 en soutien au financement institutionnel du Jardin botanique de l'Université et de la Ville de Neuchâtel. Le capital versé à cette nouvelle fondation par la Fondation de Famille Sandoz ainsi que ses promesses de dons garantissent pour plusieurs années l'avenir du Jardin botanique. Les prochains objectifs consistent à trouver des sources de financements complémentaires et à développer les synergies les plus utiles au Jardin botanique.

En juin 2006, l'Université annonçait onze mesures d'économie dont la suppression du financement du Jardin botanique, suite aux réductions budgétaires de l'Etat. Le Conseil d'Etat demandait alors à l'Université de réduire sa subvention par paliers de CHF 200'000.
Un groupe de travail sur l'avenir du Jardin botanique était mandaté par le Département de l'Education, de la Culture et des Sports (Mme Sylvie Perrinjaquet) et les Travaux publics de la Ville de Neuchâtel (M. Pascal Sandoz). Celui-ci était composé de représentants de l'Etat, de la Ville, de l'Université, du Jardin botanique et de l'ADAJE (Association Des Amis du Jardin botanique de l'Ermitage). Il s'est réuni une première fois en septembre 2006 pour définir la première coupe de CHF 200'000 pour 2007. Celle-ci a pu être réalisée sans licenciement par la retraite anticipée d'un collaborateur, diverses économies et des recettes complémentaires. Ce groupe a ensuite élaboré un rapport en vue de trouver des solutions à long terme pour le Jardin botanique qui a été déposé en décembre 2006. Il précisait en particulier que toute réduction supplémentaire du  budget au-delà de celle de 2007 mettrait en péril les prestations minimales du Jardin botanique et qu'un financement compensatoire devait être trouvé. La création d'une fondation constituait une des solutions de financement envisagées.
Durant cet hiver, le Jardin botanique a bénéficié du soutien politique de plusieurs députés et de la solidarité de la population concrétisée par plus de 12'000 signatures récoltées lors de la pétition lancée par l'ADAJE en octobre 2006 et déposée auprès du Conseil d'Etat en février 2007.

En outre, un groupe informel a travaillé indépendamment à la création d'une Fondation pour assurer la survie du Jardin botanique. Le Conseil d'Etat et la Ville de Neuchâtel ont été tenus au courant de l'avancement de ses travaux. Ceux-ci ont conduit à la constitution le 29 mai 2007 de la Fondation du Jardin botanique scientifique et universitaire de Neuchâtel. Le but de la nouvelle Fondation est de collaborer étroitement avec le Jardin botanique de l'Université et de la Ville de Neuchâtel et de l'aider dans ses différentes missions : le soutien à la recherche et à l'enseignement universitaires, l'éducation à l'environnement, l'ouverture au public, la protection des espèces, mais aussi de nouvelles missions, à définir en accord avec la fonction d'un jardin botanique. La Fondation souligne également la nécessité de travailler aux niveaux local et national, et de participer au réseau international des jardins botaniques.

Le Conseil de Fondation est composé de 6 personnes :

Philippe Mauler, président
Pierre Godet, trésorier
Jean-Léonard de Meuron, secrétaire
Maarten Bijleveld van Lexmond, membre
Pierre Dubois, membre
François Felber, membre et directeur du Jardin botanique

En outre, un Comité consultatif scientifique a été créé dont la présidence est assumée par Philippe Küpfer, professeur de botanique à l'Université de Neuchâtel et fondateur du Jardin botanique au vallon de l'Ermitage.
Le capital de la Fondation est constitué d'un don important de la Fondation de Famille Sandoz. Mme Monique de Meuron, trop tôt disparue, est l'initiatrice de cette donation. Elle est aussi à l'origine de la nouvelle Fondation dont elle assumait la fonction de secrétaire. Elle avait pour objectif d'aider le Jardin botanique à trouver des solutions à long terme pour son avenir, en lui laissant toute liberté de définir ses priorités et sans se substituer au financement institutionnel. Son fils, M. Jean-Léonard de Meuron, a accepté de lui succéder dans cette fonction.

Le Conseil d'Etat, l'Université et la Ville de Neuchâtel, en reconnaissant les missions importantes du Jardin botanique, ont soutenu la création de la Fondation. Le Conseil de Fondation est reconnaissant de l'accueil fait à sa proposition.
Grâce à la création de la Fondation du Jardin botanique scientifique et universitaire de Neuchâtel, l'avenir du Jardin botanique est garanti pour les prochaines années. Les prochains objectifs sont de trouver des sources de financements complémentaires et de développer les synergies les plus utiles pour le Jardin botanique.

Janvier 2008 : La Fondation du Jardin botanique reçoit 100 000 francs

La Fondation du Jardin botanique scientifique et universitaire de Neuchâtel a reçu un don de 100 000 francs du département R&D de Philip Morris International (PMI). En cela, PMI participe de façon significative à garantir l'avenir du Jardin botanique de Neuchâtel, sans demander de contrepartie. Cette somme, ajoutée au don important de la Fondation de Famille Sandoz, permet d'envisager l'avenir avec plus de sérénité. Mais la Fondation du Jardin botanique poursuit ses recherches de fonds.
La Fondation du Jardin botanique de Neuchâtel a été créée en mai 2007 à la suite de restrictions budgétaires demandées par le canton qui ont amené l'Université à se désengager d'une partie de son financement. Un don important de la Fondation de Famille Sandoz est à l'origine du capital de la Fondation du Jardin botanique et garantit à moyen terme le fonctionnement du Jardin botanique. Signe de cette évolution positive, une horticultrice à 60% a été engagée ainsi qu'une apprentie horticultrice en plantes vivaces. Ainsi, l'équipe du Jardin botanique se redéploie quelque peu, sans atteindre cependant le niveau de 2006.
La Fondation du Jardin botanique s'attache à compenser la diminution du financement de l'Université, sans se substituer à celui-ci. La recherche de financements complémentaires par la Fondation du Jardin botanique demeure cependant nécessaire. L'action de mécénat de PMI permet d'envisager l'avenir à plus long terme et contribue ainsi de façon importante à cet objectif. Le Conseil de Fondation remercie chaleureusement la direction de PMI de ce geste.
La Fondation du Jardin botanique continue sa recherche de fonds et travaille également au développement des synergies les plus utiles pour le Jardin botanique dans ses missions de soutien à la recherche et à l'enseignement universitaires, d'éducation à l'environnement et de protection des espèces.
 

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